Bueno, en su mayoría los códigos pueden ser alojados dentro de cualquiera de los cuadros respectivos de Box en "Editar diseño".
Otros lugares recomendados son: "Texto por encima de la página" y "Texto por debajo de la página".
Si se trata de relojes o menú puedes pegar los codes en los cuadros de los Box...
Los contadores también, pero te los recomiendo que los pongas en la página central, ya que si lo pones en el box no sabras exactamente la cantidad de visitantes que tuviste ya por cada vez que se cargue tu página incluso entrando a las diferentes secciones que tuvieses se te contará como una nueva visita. Ponlo en tu home.
Ojo: debes usar la vista HTML para pegar codes en las páginas (el botón "Fuente HTML" está en la esquina superior izquierda de la barra de herramientas del editor)